Ο Άγιος Νικόλαος είναι έδρα του Δήμου Αγίου Νικολάου. Η ονομασία του προήλθε από το βυζαντινό εκκλησάκι που βρίσκεται στον όρμο Αγίου Νικολάου. Παλαιότερη γνωστή ονομασία, Μαντράκι, καθώς υπήρχαν πολλές μάντρες με κατσίκια που ξεχειμώνιαζαν. Άλλη γνωστή ονομασία κι αυτή που ακόμα χρησιμοποιούν οι κάτοικοι των γύρω χωριών, Γιαλός. Η οικονομία της περιοχής βασίζεται στον τουρισμό, στην καλλιέργεια ελιάς και στη μη σταβλισμένη κτηνοτροφία. Οι μόνιμοι κάτοικοι σύμφωνα με την απογραφή του 2001 ήταν 19.593 . Χαρακτηριστικό γνώρισμα της πόλης οι πολλές παραλίες της, οι οποίες κάθε χρόνο πιστοποιούνται για την καθαριότητα και τις παροχές τους.
Η Ελούντα βρίσκεται 10χλμ βόρεια του Αγίου Νικολάου, στη βορειοδυτική πλευρά του μεγάλου κόλπου του Μιραμπέλου. Η περιοχή είναι ένα παγκοσμίου φήμης τουριστικό θέρετρο με υπερπολυτελή ξενοδοχεία για τα πιο ακριβά γούστα. Κάθε χρόνο στην Ελούντα καταφτάνουν υπό άκρα μυστικότητα αρχηγοί κρατών και προσωπικότητες της διεθνούς οικονομικής, πολιτικής, αθλητικής και καλλιτεχνικής ελίτ.
Από την πρώτη στιγμή που την αντικρίζετε από τα Λενικά, όπου μπορείτε να σταματήσετε και να δείτε τη θέα ερχόμενοι από Άγιο Νικόλαο, η Ελούντα είναι συναρπαστική. Από εκεί φαίνεται όλος ο κόλπος του Μιραμπέλου και η λιμνοθάλασσα της Ελούντας, με την μεγάλη χερσόνησο της Σπιναλόγκας να ενώνεται με την Κρήτη με μια πολύ στενή λωρίδα γης. Στο βάθος διακρίνεται η γραφική Πλάκα και το πολύπαθο νησί της Σπιναλόγκας, η Καλυδών, την οποία μπορείτε να επισκεφτείτε με καραβάκι από το λιμάνι της Ελούντας.
Η Κριτσά είναι χωριό που βρίσκεται στο νομό Λασιθίου και είναι κτισμένη αμφιθεατρικά στους πρόποδες του βουνού Κάστελλος σε υψόμετρο περίπου 365 μέτρων. Στο χωριό κατοικούν περίπου 2200 απογεγραμμένοι κάτοικοι. Είναι ένα από τα αρχαιότερα χωριά της Κρήτης και διατηρεί σε σημαντικό βαθμό ακόμη αναλλοίωτη την παλιά αρχιτεκτονική φυσιογνωμία της. Οι κάτοικοι της είναι απόγονοι της Λατούς Ετέρας, της οποίας τα ερείπια βρίσκονται 3 χλμ. βορειοανατολικά του χωριού. Από τις λίγες ανασκαφές που έχουν γίνει ως τώρα στην Κριτσά, ήρθαν στο φως ο χώρος της αγοράς με το Πρυτανείο, την εξέδρα και το Ιερό της Πόλης.
Ο Βρουχάς είναι χωριό και έδρα ομώνυμης κοινότητος του δήμου Αγίου Νικολάου στην Περιφερειακή Ενότητα Λασιθίου της Κρήτης. Ανήκε στην Επαρχία Μεραμπέλλου. Βρίσκεται στην βόρεια πλευρά του Κόλπου Μεραμπέλλου και του Κρητικού Πελάγους. Απέχει 18 χιλιόμετρα από τον Άγιο Νικόλαο και 17 χιλιόμετρα από την Νεάπολη.
Ένα σύμπλεγμα μικρών χωριών, μόλις 10 λεπτά μακριά από τον Άγιο Νικόλαο τα οποία με τη σειρά τους, χωρίζονται σε δύο μεγαλύτερους οικισμούς, τα Μέσα Λακώνια και τα Έξω Λακώνια. Οι οικισμοί που αποτελούν τα Έξω Λακώνια, έχουν ονόματα οικογενειακά, τα περισσότερα Βυζαντινά ή Ενετικά. Σημαντικό βυζαντινό μνημείο, είναι ο ναός του Μιχαήλ Αρχάγγελου, ο οποίος βρίσκεται στην καρδιά των Λακωνίων.Το χωριό Έξω Λακώνια με 298 κατοίκους (απογραφή 2001) βρίσκεται οκτώ χιλιόμετρα δυτικά από την πόλη του Αγίου Νικολάου στην ανατολική Κρήτη. Το χωριό αποτελείται από έξι μικρότερα χωριά: Παναγία (144), Φιορέτζηδες (18), Μαρνέλληδες (82), Βλάχηδες (19), Καρτέρηδες (31) και Πεπόνηδες (4). Όλα τα χωριά βρίσκονται σε πεδιάδα ανάμεσα σε λόφους.
Ο οικισμός Έξω Ποτάμοι βρίσκεται στην επαρχία Λασιθίου σε υψόμετρο 850 μετρων σε μια κοιλάδα στις πλαγιές της Σελένας. Η περιοχή είναι πλούσια σε βλάστηση, όπου κυριαρχούν οι πρίνοι. Την περιοχή διασχίζουν πολλοί ποταμοί (ρυάκια) και λόγω αυτού του χαρακτηριστικού της δόθηκε και το όνομα στον οικισμό. Λόγω του υψομέτρου και της ποσότητας των υδάτων που προέρχονται από τις πολλές πηγές, ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια του χειμώνα, ευδοκιμούν στην περιοχή καρυδιές, πλάτανοι, συκιές, μηλιές, χαρουπιές.
Στο δρόμο Νεάπολης – Οροπεδίου Λασιθίου, σε υψόμετρο 750 μέτρων περίπου, υπάρχει ο οικισμός Ζένια. Σε μικρή απόσταση από τον οικισμό υπάρχουν απομεινάρια υστερο μινωικού οικισμού και ο «Ατζιγγανόσπηλιος», ένα από τα πλέον αξιόλογα σπήλαια του Νομού Λασιθίου. Το όνομα “Ζένια” ίσως οφείλεται στον πρώτο οικιστή από τη μεγάλη βενετσιάνικη οικογένεια των Ζen, φεουδαρχών του Μεραμπέλου, ή σύμφωνα με άλλη άποψη προέκυψε από παραφθορά της παλαιάς ονομασίας Ξένια που σήμαινε τόπος φιλοξενίας των περαστικών κατοίκων του Οροπεδίου Λασιθίου που πήγαιναν προς Νεάπολη και Άγιο Νικόλαο.
Το Καλό Χωριό είναι ένα ωραίο και γραφικό παραδοσιακό χωριό που έχει διατηρήσει το ιδιαίτερο χρώμα του στο μέσο μιας εύφορης κοιλάδας και βρίσκεται 12,5 χιλιόμετρα Νότια από τον Άγιο Νικόλαο και 1,5 χιλιόμετρο επίσης Νότια από το τουριστικό θέρετρο Ίστρο. Κατοικείται από 550 περίπου μόνιμους κατοίκους.
Το Καλό Χωριό έχει υψόμετρο 29 μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας και βρίσκεται κοντά στη θέση της αρχαίας πόλης Ιστρών ή Ίστρος. Στην παραθαλάσσια θέση Κατεβατή έχουν βρεθεί ερείπια αρχαίου οικισμού, ο οποίος ήταν το επίνειο της Ίστρου. Εκεί βρέθηκε τεμάχιο μαρμάρινης πλάκας με ανάγλυφες παραστάσεις των μαρτύρων Σεργίου και Βάκχου.
Ο Κρούστας με έδρα την ομώνυμη Κοινότητα που βρίσκεται στον νομό Λασιθίου, ανήκει στον δήμο Αγίου Νικολάου. Ο Κρούστας είναι ένα μικρό χωριουδάκι του νομού Λασιθίου και είναι σκαρφαλωμένο σε υψόμετρο 540 μέτρων. Ανήκει στο δήμο Αγίου Νικολάου και έχει 476 κατοίκους οι οποίοι ασχολούνται με τη γεωργία και την κτηνοτροφία. Κοντά του βρίσκεται το χωριό Κριτσά και απέχει από τον Άγιο Νικόλαο 13 χλμ.
Κοντά στον Άγιο Νικόλαο και την Νεάπολη, βρίσκεται το χωριό Λίμνες. Είναι ένα χωριό που θα σας εντυπωσιάσει και θα αγαπήσετε από την πρώτη κιόλας επίσκεψή σας, για την αρχιτεκτονική, το πράσινο, την ιστορία και τις παραδόσεις του. Δύο από τα κτίρια που θα τραβήξουν σίγουρα την προσοχή σας στο χωριό είναι αυτό της εκκλησίας της Αγίας Μαρίνας αλλά και του παλιού σχολείου. Στο χωριό λειτουργεί λαογραφικό μουσείο με ενδιαφέροντα εκθέματα από την ζωή και την καθημερινότητα των κατοίκων, περασμένων αιώνων.Σε ένα από τα ψηλότερα σημεία του χωριού βρίσκεται ο γραφικός ναός της Αγίας Φωτεινής όπου πολλοί ανεβαίνουν για να προσκυνήσουν αλλά και για να απολαύσουν τη θέα.
Αποτελείται από τους οικισμούς Επάνω Λούμα και Κάτω Λούμα. Στην περιοχή διατηρούνται αρκετοί πετρόκτιστοι ανεμόμυλοι, ενώ η θέα προς το Κρητικό Πέλαγος είναι εξαιρετική λόγω της θέσης του χωριού. Το όνομα κατά πάσα πιθανότητα προέρχεται από τη λέξη “λούμα” που σημαίνει λούσιμο ή λουτρό (κατά τη Βυζαντινή περίοδο). Κατά άλλη εκδοχή προέρχεται από τη λέξη “λούμακας” (σημαίνει το ζωηρό νέο βλαστό του δέντρου) και αναφέρεται στους λούμακες, τους υψηλούς και εύρωστους άνδρες που έβγαζε το χωριό. Στο χωριό σώζεται το καθολικό της μικρής Μονής του Μιχαήλ Αρχαγγέλου, καθώς και ο παλιός ναός του Αγίου Ιωάννη του Ξενικού.
Το χωριό Πρίνα βρίσκεται 24 χλμ νοτιοανατολικά του Αγίου Νικολάου και 14 χλμ βόρεια της Ιεράπετρας. Στους λόφους της Πρίνας εκτείνεται ένα σημαντικό πευκόδασος το οποίο όμως έχει αποτελέσει εστία πολλών πυρκαγιών τα τελευταία χρόνια. Κοντά στο χωριό ξεκινάει το όμορφο φαράγγι του Κόρακα, πνιγμένο στα πεύκα, που τροφοδοτεί τον Καλό Ποταμό που εκβάλλει στο Ίστρο.
Εκτός από το πεύκο, στην περιοχή και κυρίως στα πρανή της οδού Καλαμαύκα – Πρίνα, έχει ευρεία εξάπλωση το πλουμί ή αρχοντόξυλο (Ebenus cretica), το οποίο ευνοείται από τις ανθρώπινες δραστηριότητες και εξαπλώνεται σε πολλές άλλες διαδρομές αλλά και σε ολόκληρη της Ανατολική Κρήτη.
Στην βορειοδυτική άκρη της περιφέρειας του Δήμου βρίσκεται ο Σκινιάς, που περιλαμβάνει τους οικισμούς Άγιος Γεώργιος, Βάλτος, Βλυχάδια και Χοντροβολάκοι (εγκαταλελειμμένος μεγάλος οικισμός κοντά στη Μονή Αρετίου). Οι βοτσαλωτές παραλίες στα Βλιχάδια και στον Άγιο Αντώνιο το «Σφουγγαρά» είναι ιδανικές τόσο για κολύμπι όσο και για ψάρεμα. Το όνομα ίσως να προέρχεται από ένα μεγάλο σκίνο και γενικά δηλώνει τόπο με πολλούς σκίνους. Στο χωριό σώζεται ο τοιχογραφημενος ναός του Αγίου Γεωργίου (16ου αιώνα) καθώς και παλιό καθολικό μοναστήρι που ανήκε στη Μονή Καρδαμούτσας (βρίσκεται κοντά στο Καρύδι).
To Βραχάσι (ή Βραχάσιον) είναι ένα ορεινό χωριό που βρίσκεται στην επαρχία Μεραμπέλλου του Νομού Λασιθίου της Κρήτης, ανατολικά του Ηρακλείου και δυτικά από τον Άγιο Νικόλαο.
Διοικητικά ανήκει στην κοινότητα Βραχασίου και είναι χτισμένο αμφιθεατρικά στη νότια πλαγιά του βουνού Ανάβλοχος. Το Βραχάσι έχει ως επίνειο το Σίσι, ένα παραλιακό τουριστικό θέρετρο, το οποίο τα τελευταία χρόνια παρουσιάζει μεγάλη οικιστική ανάπτυξη, σε βάρος του Βραχασίου το οποίο εγκαταλείπεται σταδιακά από πρώτη κατοικία.
Η ιστορία της Νεάπολης χάνεται στα βάθη των αρχαίων χρόνων καθώς φαίνεται να συνδέεται με την ύπαρξη της (υπομινωικών χρόνων) αρχαίας πόλης Δρήρου στα βορειοανατολικά της. Η νεότερη πόλη συναρτάται με τον γνωστό συνοικισμό Καρές ως η φυσική συνέχεια του τελευταίου.Οι πρώτοι οικιστές ήταν μυλωνάδες που προσπάθησαν να αξιοποιήσουν τα τότε άφθονα νερά της πηγής του Βιγλιού εγκαθιστώντας κατά μήκος της πλαγιάς μύλους. Η Νεάπολη βρίσκεται σε μια κοιλάδα, γνωστή ως Σκάφη του Μεραμπέλου, σε υψόμετρο 270 μέτρων, στο δρόμο που ενώνει το Ηράκλειο με τον Άγιο Νικόλαο, 54 χιλιόμετρα από το Ηράκλειο και 15 από τον Άγιο Νικόλαο. Πλήθος από εκκλησίες συναντώνται στην Νεάπολη, πολλές από τις οποίες σώζονται από αρχαιοτάτων χρόνων.
Ο Αγιος Αντώνιος είναι ένα απομακρυσμένο χωριό το οποίο ανήκει στον Δήμο Αγίου Νικολάου.Βρίσκεται 10 χιλιόμετρα απο την Μίλατο στον δρόμο προς το σπήλαιο της Μιλάτου, στις βόρειες ακτές του Μεραμπέλου. Στο χωριό κατοικούν 17 κάτοικοι και τα σημάδια απομόνωσης και εγκατάλειψης είναι εμφανή.
Η Βουλισμένη είναι χωριό του Δήμου Αγίου Νικολάου, πολύ κοντά στη Νεάπολη. Θεωρείται ένα από τα ομορφότερα χωριά του επάνω Μεραμπέλλου, και γι’ αυτό το λόγο παλαιότερα πολλοί αναφέρονταν σε αυτήν ως “μικρό Παρισάκι”. Στην πλαγιά ενός λόφου δεσπόζει επιβλητικό το μοναστήρι της Παναγιάς της Βιγλιώτισσας με τα τρεχούμενα νερά.
Το χωριό Βρύσες Μεραμπέλλου είναι από τα ηρωικότερα και μαγευτικότερα χωριά της Επαρχίας Μεραμπέλου. Σε υψόμετρο 400μ. απέχει 3 χλμ. από’ τη Νεάπολη. Γαντζωμένο καθώς είναι στη βόρεια πλαγιά του βουνού Καβαλαρά, είναι κυριολεκτικά κρυμμένο μέσα στον πράσινο χώρο με ανοιχτό ορίζοντα και αποτελεί το μόνιμο φύλακα και βιγλάτορα όλης της περιοχής. Το κλίμα του είναι ξηρό και υγιεινό. Μέσα από το χωριό περνά ο επαρχιακός δρόμος που συνδέει τη Νεάπολη με το Οροπέδιο Λασιθίου. Τα αρχαιολογικά ευρήματα που προέρχονται από τις Βρύσες βρίσκονται στα Μουσεία Ηρακλείου και Αγίου Νικολάου και μαρτυρούν πως πρώτοι οι Μινωίτες σκαρφάλωσαν πάνω από το σημερινό χωριό στο ύψωμα του Προφήτη Ηλία, για να ξεφύγουν την Δωρική σφαγή και καταστροφή.
To Καρύδι, οικισμός (υψόμ 490 μ.) του νομού Λασιθίου, 21 χλμ. ΒΔ της πόλης του Αγίου Νικολάου.
Το Καστέλι Φουρνής είναι ένα από τα πιο παλιά χωριά της περιοχής (η ύπαρξή του αναφέρεται από το 1400μ.Χ. περίπου). Την ονομασία του πιθανολογείται ότι την πήρε από το “Kastelium” που σημαίνει Φρούριο. Η θρησκευτική παράδοση του χωριού μαρτυρείται από τα ιστορικά μοναστήρια του Κεράμου, του Αφέντη Χριστού καθώς και από την περίφημη βυζαντινή εκκλησία των Αγίων Αποστόλων με τις αξιόλογες τοιχογραφίες της.
Η Λατσίδα βρίσκεται στο δυτικό άκρο του Μεραμπέλου, στους πρόποδες του βουνού “Αναύλοχος”, σε μικρή απόσταση από τη Νεάπολη. Το χωριό καλωσορίζει τους επισκέπτες του στην λιθόστρωτη πλατεία του. Εκεί βρίσκεται η βρύση με το “Καμαριώτικο” νερό (το όνομα προέρχεται από την περιοχή Καμάρι απ’ όπου πηγάζει).
Βρίσκεται στην κοιλάδα του Μεραμπελλου κοντά στην Nεαπολη και αναφέρεται για πρώτη φορά το 1832. Κατά την παράδοση πηρέ το όνομα του από τον πρώτο του κάτοικο τον Nικήτα που ήρθε από το κοντινό χωριό πλατανιάς, αφού το κατέστρεψε ο Χασαν Πασας το 1822-23.
H Φουρνή είναι οικισμός του δήμου Αγίου Νικολάου, στο νομό Λασιθίου. Είναι χτισμένη σε υψόμετρο 320 μέτρων, σε μια πόλη, μαζί με το χωριό Καστέλι Φουρνής, και απέχει 17 χιλιόμετρα από τη Νεάπολη και 22 από τον Άγιο Νικόλαο. Το κύριο προϊόν της περιοχής είναι τα αμύγδαλα. Η Φουρνή κατά το παρελθόν αποτελούνταν από δύο χωριά, την Απάνω και την Κάτω Φουρνή, η οποία ήταν γνωστή και ως Αμπραμοχώρι, γιατί εκεί κατοικούσε η ενετοκρητική οικογένεια των Αμπράμων.Το Απάνω και Κάτω Χωριό συγχωνεύτηκαν το 1930 και ο οικισμός μετονομάστηκε σε Φουρνή Λασιθίου.
Το Χουμεριάκο είναι χωριό του Δήμου Αγίου Νικολάου (δημοτική ενότητα Νεάπολης). Βρίσκεται στους πρόποδες του βουνού και οι κάτοικοι του χωριού ασχολούνται κυρίως με τη γεωργία. Στο κέντρο του χωριού υπάρχουν παραδοσιακά καφενεία, χώροι για φαγητό και μικρά μπακάλικα. Σημαντικό μνημείο του χωριού θεωρείται η “Ρομάνα Πορτέλα”, είσοδος οικίας βενετσιάνικης αρχιτεκτονικής. Χτίστηκε από τους Ενετούς και προσδιορίζει την κατοικία κάποιου άρχοντα της εποχής.